از میان فرزندان  بزرگوار حضرت امام موسى بن جعفر(ع) ، دو فرزند ایشان یعنى حضرت امام على بن موسى الرضا(ع) و حضرت فاطمه کبری (ع) ملقّب به معصومه، از ویژگیهای خاص برخوردار بوده اند تا  ادامه دهنده خطّ امامت بعد از پدر باشند.
پس از ۲۵ سال که از تولد حضرت امام رضا (ع) گذشته بود ، حضرت فاطمه معصومه(ع) در اوّلین روز ماه ذى قعده سال ۱۷۳ هـ ق، در شهر مدینه منوّره چشم به جهان گشود، آن حضرت به همراه امام رضا (ع) هر دو در دامان پاک یک مادر بزرگوار به نام حضرت نجمه خاتون(س) که از مهاجران مغرب بود، رشد و پرورش یافته اند. این در حالى است که پدر بزرگوارشان پیوسته در زندان هارون الرشید بسر مى بردند و سرانجام در همان زندان ، هنگامى که حضرت معصومه(س) در سن ده سالگى بود، به شهادت رسیدند و از آن زمان به بعد حضرت معصومه (س) تحت مراقبت برادرش امام رضا(ع) قرار گرفت. با آغاز خلافت مأمون این خلیفه مکار عبّاسى، او نیز همانند اسلاف غدّارش براى مقابله بانفوذ روبه گسترش تعالیم امامان معصوم و اهل بیت(ع) عصمت و طهارت بر دل هاى مشتاقان و جلوگیرى از انسجام سیاسی شیعیان حضرت علی(ع) به ترفندى دیگر متوسّل شده و امام رضا(ع) را به پایتخت خود «مرو» دعوت نمود. امام با اکراه این دعوت را پذیرفتند و بدون این که کسى از بستگان و اهل بیت(ع) خود را همراه ببرند به سوى «مرو» حرکت نمودند. حضرت فاطمه معصومه(ع) در سال ۲۰۱ هـ ق، یک سال پس از ورود امام رضا(ع) به مرو، با چهار تن از برادران و گروهى از برادرزادگان  به سوى خراسان حرکت نمودند و چون این کاروان کوچک به حوالی ساوه رسید عدّه اى از دشمنان اهل بیت(ع) به دستور مأمون عبّاسى راه را بر آنان بستند و در یک درگیرى نابرابر همه برادران و تقریباً اکثر مردان همراه کاروان را که حدود ۲۳ نفر بودند به شهادت رساندند. حضرت معصومه(س) از شدّت رنج و تأثّر روحی بیمار گردید و بنا بر قولی حضرت را مسموم کردند . چون شب هنگام خبر به مردم  قم و  آل سعد رسید، موسی بن خزرج به نمایندگى آنان، در همان هنگام از قم به قصد ساوه حرکت کرد تا ایشان را به قم دعوت کند. پس از دیدار حضرت و پذیرفتن دعوت وى، خود زمام مرکب ایشان را در دست گرفت و به سوى قم و به منزل و سراى خویش آورد.
در روایت دیگرى آمده است، هنگامى که حضرت فاطمه معصومه(ع) به شهر ساوه قدم نهاد، از همراهان خود پرسید؛ مسافت این جا تا قم چقدر است. پاسخ را گفتند. در این هنگام به یاد خبرى  از پدرش افتاد. لذا فرمود: مرا به قم ببرید که از پدر بزرگوارم بارها می شنیدم که قم مرکز شیعیان ماست. بدین ترتیب باقیمانده افراد کاروان به جاى رفتن به «مرو» به جانب قم تغییر مسیر داده و در ۲۳ ربیع الاوّل سال ۲۰۱ هـ ق وارد قم شدند. خبر ورود آن حضرت به قم براى همه مسرّت آفرین و هیجان انگیز بود. بزرگان و سایر مردم، به استقبال آن حضرت آمدند و پروانه وار و مشتاقانه ایشان را در میان گرفتند. در پیشاپیش آنان شخصیت برجسته شهر، موسى بن خزرج اشعرى حرکت نمود و افسار شتر آن حضرت را به دست گرفته و افتخار می کرد تا آنکه  به درخواست او، حضرت در منزلش اقامت نمود.
بیمارى حضرت که از غم هجران برادر و شهادت و مظلومیت دیگر برادران و همراهان و یا سمّى که به ایشان داده شده است، هفده روز ادامه یافت و ایشان بهتر از هرکس به حال خود و کوتاهى عمرش آگاه بود، روزهاى آخر عمر را به عبادت و راز و نیاز با معبود یگانه مشغول بود .
سرانجام در روز دهم ربیع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربیع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان در سن ۲۸ سالگی دیده از جهان فروبست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند .

 عبادتگاه روزهاى پایانى عمر ایشان، که هم اکنون به  نام «بیت النّور» معروف است ، زیارتگاه شیفتگان اهل بیت(ع) عصمت و طهارت است.
از آنجا که نخستین بار میرابوالفضل عراقى، مسجدی در کنار بیت النور  بنا نمود، آن محله و محوّطه وسیع اطراف آن به «میدان میر» مشهور گردیده است.
پس از وفات، پیکر مطهّر و شریف حضرت فاطمه معصومه (س)  را غسل داده و کفن کردند و باشکوه فراوان تشییع و در محلّى موسوم به «باغ بابلان» که اکنون روضه منوره حضرت است به خاک سپردند. در این که چه کسى بدن مطهّر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد و ایشان را به خاک سپارد، همه متحیر بودند. آل سعد بیش از همه در این باره با هم گفتگو کردند که چه کسى را داخل سرداب نمایند تا جنازه خانم را دفن کند. پس از تبادل نظر، رأى ایشان بر این قرار گرفت که مرد پرهیزکار و خادم بسیار پیر ایشان به نام «قادر»، متصدّى دفن شود. چون دنبال آن پیر مرد صالح فرستادند، ناگاه دو سواره نقابدار از سوى «رمله» (ریگزار) سمت قبله نمایان شدند و به سرعت نزدیک گردیدند و پس از اقامه نماز بر پیکر آن بانوى مکرّمه، یکى از آن دو وارد قبر شد و دیگرى جسد پاک و مطهّر آن صدّیقه را برداشت و به دست او داد تا در دل خاک نهان سازد. آن دو نفر پس از پایان مراسم بدون آن که با کسى سخن گویند بر اسب هاى خود سوار و از محلّ ناپدید شدند و کسى آن دو نفر را نشناخت. به نظر مى آید که آن دو بزرگوار، دو امام و حجّت خداوند بوده اند.
حضرت معصومه (س) از پرهیزگارترین زنان شیعه و از زنان عالمه و محدّثه بوده  و روایات متعددى از طریق ایشان در کتب احادیث شیعه و اهل سنّت آمده است. ایشان در عبادت و زهد شهره بود و در فضل و کمال، به مدارج عالى نایل آمده است. القاب و صفات بسیارى که حضرت فاطمه معصومه(س) بدان معروف گردید، نشانه سجایاى والاى اخلاقی ایشان است. در یکی از زیارت نامه های آن حضرت، القابى همچون «طاهره» پاکیزه، «حمیده» ستوده خصال، «برّه» نیکو رفتار و تربیت شده، «نقیه» پاک خصلت، «مرضیه» مورد رضای پروردگار، «رضیه» راضى از حق، «محدّثه» راوى حدیث، «شفیعه» شفاعت کننده در روز جزا و «معصومه» به ایشان اطلاق شده است. اما مشهورترین لقب حضرت ، طبق فرموده امام رضا (ع) لقب معصومه است.